Podczas wyprawy Link przemierza miasta, otwarte tereny, podziemia i świątynie, walczy z przeciwnikami oraz rozwiązuje zagadki przy użyciu zdobywanych po drodze przedmiotów. Część narzędzi i możliwości dostępna jest tylko w określonym okresie jego życia, dlatego podróżowanie między dwiema epokami pozostaje jednym z najważniejszych elementów eksploracji.
Remake przebudowuje oprawę i sterowanie, dodając między innymi swobodną kamerę, skok, szybszy bieg oraz sterowanie ruchem podczas celowania. Cykl dnia i nocy działa również w miastach, a Threads of Time pomaga przypomnieć sobie dotychczasowy przebieg historii i aktualny cel. Sceny fabularne zostały w pełni udźwiękowione, postacie otrzymały więcej dialogów, a muzykę przygotowano w symfonicznej oprawie. Melodie na okarynie można wykonywać tradycyjnie lub nucić do mikrofonu Switcha 2.
Gra obsługuje również ZELDA NOTES w aplikacji Nintendo Switch na smartfony, oferując statystyki z kolejnych sesji, dodatkowe wskazówki, wirtualną okarynę i quiz związany z Ocarina of Time. Remake otrzyma oficjalną polską wersję językową.